โลกุตตรธรรมไม่เป็นปกตูนิสสปัจจัยแก่อกุศล
ข้อสำคัญอีกประการหนึ่งที่ควรเข้าใจของปกตูปนิสสยัจจัย คือ โลกุตตรธรรมไม่เป็นปกตูปนิสสยปัจจัยแก่อกุศล
ปกตูปนิสสยัจจัยเป็นปัจจัยที่กว้างขวางมาก ดังที่ได้กล่าวถึงแล้วว่า กุศลเป็นปกตูปนิสสยปัจจัยเกิดกุศลก็ได้ กุศลเป็นปกตูปนิสสยปัจจัยให้เกิดอกุศลก็ได้ กุศลเป็นปกตูปนิสสยปัจจัยให้เกิดอัพยากตธรรมก็ได้
สำหรับกุศลเป็นปกตูปนิสสยปัจจัยให้เกิดอกุศล ต้องหมายถึงเฉพาะโลกียกุศลเท่านั้น โลกุตตรธรรม โลกุตตรกุศล หรือโลกุตตรวิบาก ไม่เป็นปกตูปนิสสยปัจจัยให้เกิดอกุศลธรรมเลย
แต่ว่าโลกุตตรธรรมเป็นปกตูปนิสสยปัจจัยแก่กุศลทั้งหมด การอบรมเจริญกุศลทุกประการ เพื่อที่จะให้รู้แจ้งอริยสัจธรรม คือ มัคคจิตเกิดขึ้นดับกิเลสเป็นสมุจเฉท ตามลำดับขั้นของมัคคจิต จะเห็นได้ว่า ต้องอาศัยการอบรม การเจริญภาวนา สั่งสมกุศลทั้งหลาย ระลึกรู้ลักษณะของสภาพธรรมตามปกติตามความเป็นจริง จนกระทั่งโสตาปัตติมัคคจิตเกิด ไม่ใช่เป็นเวลาน้อย ๆ เลย แล้วเมื่อโสตาปัตติมัคคจิตซึ่งสามารถดับกิเลสได้เกิดขึ้นดับไปแล้ว โสตาปัตติผลจิตเกิด โลกุตตรธรรม คือ โสตาปัตติมัคคจิตก็ดี โสตาปัตติผลจิตก็ดี ไม่เป็นปัจจัยให้อกุศลจิตเกิดเลย แต่จะเป็นปัจจัยให้กุศลทั้งหลายเกิดได้ ไม่ว่าจะเป็นทาน หรือว่าศีล หรือเป็นความสงบของจิต หรือเป็นกุศลขั้นต่อ ๆ ไป
เพราะฉะนั้นก็ควรที่จะได้ทราบว่า ในข้อที่ว่า กุศลเป็นปกตูปนิสสยปัจจัยแก่อกุศลนั้น หมายเฉพาะโลกียกุศลเท่านั้น ไม่หมายถึงโลกุตตรกุศล
ข้อความในอรรถกถาปัญจปกรณ์ ปัฏฐานปกรณ์ วรรณนาแห่งปัญหาวาระวิภังค์ มีข้อความว่า
ส่วนโลกุตตรกุศลเป็นธรรมระงับ ประณีต สูงสุด กำจัดอกุศลได้เด็ดขาด ฉะนั้น จึงไม่เป็นอุปนิสสยปัจจัยแก่อกุศล เหมือนพระจันทร์ไม่เป็นอุปนิสสยปัจจัยแห่งความมืด
ก็เป็นตัวอย่างซึ่งเห็นได้ชัด สำหรับโลกุตตรธรรมไม่เป็นปัจจัยแก่อกุศล แต่โลกียธรมยังเป็นปกตูปนิสสยปัจจัยของอกุศลได้